Le dispositif "Natura 2000" vise à préserver les milieux naturels ainsi que certaines espèces animales et végétales qui sont devenues rares à l'échelle européenne, dans une logique de développement durable, c'est-à-dire en tenant compte des activités économiques et sociales.

L'Alsace héberge la seule population française de hamster commun (Cricetus cricetus).

Pour répondre à ces enjeux sur les surfaces agricoles, des mesures agri-environnementales sont proposées aux agriculteurs sur différents territoires du département.